Ich halte es eher für unwahrscheinlich, dass das ein Bug ist. Es dürfte eher so sein, dass in dem betroffenen Benutzer-Account ein Anmeldeobjekt oder ein Hintergrundprogramm des Typs "Agent" installiert wurde, das an irgendeiner Stelle ein Java-Programm aufruft.
Normalerweise zeigt OS X genau an, um welche Software es sich dabei handelt. Bei Befehlszeilenprogrammen ist das allerdings nicht der Fall. Zum einen weil das oft nur Skripte mit verwirrenden Namen sind, die sich gegenseitig aufrufen, zum anderen, weil Apple meint, dass sich normale Benutzer nicht mit derartigen Dingen beschäftigen wollen.
Noch zwei andere Punkte:
Mir ist unklar wieso das bei mir nicht kommt als Hauptuser des iMac.
"Hauptuser" gibt es nicht. Es gibt vielleicht einen Benutzer-Account, der als erster bei der Neueinrichtung von OS X angelegt wurde, und es gibt solche, bei denen die Funktion "der Benutzer darf diesen Computer verwalten" eingeschaltet ist, aber ansonsten gibt es da keine Vorrangstellungen.
Kommandozeilen Programm kenne ich nur Konsole. Das läuft beim anderen User nicht.
Das ist ein Irrtum, denn man braucht kein Terminal, um Befehlszeilenprogramme zu starten. OS X ruft während der normalen Arbeit ständig hunderte von Befehlszeilenprogrammen auf. Wenn Du zum Beispiel die "Systemeinstellungen" startest, wird intern auch das Befehlszeilenprogramm "TabletFinder" gestartet, um zu testen, ob gerade ein Grafiktablett mit Stift angeschlossen ist. Wenn nein, wird das Symbol für die Inkwell-Einstellungen nicht angezeigt. Auch die Einstellungskarten für Energiesparen, Netzwerk, Time Machine, usw. arbeiten intern mit Hilfsprogrammen auf Befehlszeilenebene.
Welches Programm für die ursprüngliche Meldung verantwortlich ist, ist schwierig zu sagen. Es gibt z.B. viele Adobe-Programme, die Java benötigen.