Input Manager sind doch nur ein potentieller Weg für Angreifer. Da noch kein OS-X-Virus in freier Wildbahn eine größere Verbreitung fand, ist es wohl auszuschließen das hier jemand auf diese Weise Deine Verzeichnisstrukur angreift.
Ich bin leider kein Experte, aber die Meldung das der Prozess abgestürzt ist, sagt doch gar nichts über Deine Verzeichnisstrukur aus. Eher würde ich mal vermuten, daß der Prüfprozess abgestürzt ist und die Prüfung daher nicht druchgeführt werden konnte.
Da steht normalerweise schon, was betroffen ist und bei Reparatur bekommt man auch die Log-Datei angezeigt, live.
Außerdem diskutieren wir hier über Journaling, ohne zu wissen ob es überhaupt aktiviert ist. Das nehmen hier alle an, weil es die in aktuellen OS-X-Versionen die Standardeinstellung ist. Das heißt aber ja nicht, daß es bei Dir so ist. Auch das siehst Du im FPDP: Jetzt musst Du aber die Partition selbst anklicken, also "Macintosh HD" oder wie sie heißt, dann steht es unten in der Übersicht: "Mac OS Extended" und dahinter in Klammern "Journaled" - oder eben nicht.