Was hat Onyx denn jetzt gemacht?
Wenn ich mich recht erinnere, ist die Funktion, die die meiste Relevanz hat, das Löschen von Caches. Wäre ja durchaus möglich, dass irgend ein Systemcache unsinnige Daten enthielt und nach Löschen werden die wieder neu und damit korrekt angelegt.
Hattest Du eigentlich zwischenzeitlich mal im gesicherten Modus gestartet?
https://support.apple.com/de-de/HT201262Das soll auch oft helfen, weil dabei auch z.B. die Caches gelöscht werden.