Also ich finde diese Baumstrukturen auch extrem unübersichtlich. Aus den schon von anderen genannten Gründen. Ich hätte da aber noch einen Punkt:
Ich habe das gerade bei Clonk mal ausprobiert und da klappt nix mit "-" zu. Warum nicht? Weil ich JavaScript abgeschaltet hatte.

Wenn zum vernünftigen Lesen aber JavaScript absolut notwendig ist, dann handelt man sich dort direkt eine Inkompatibilitäts-Quelle ein, denn die Browser verhalten sich bei JavaScript doch teilweise noch stark unterschiedlich.
Und bitte jetzt keine Diskussion pro/contra-JavaScript. Wenn man es einsetzt, um zusätzliche Sachen zu erreichen, schön. Wenn es aber eingesetzt wird und man kann ohne nix mehr machen, dann schließt man einige aus. Und nicht nur "Fanatiker" ohne JavaScript, sondern auch Menschen mit Zugangsproblemen und Menschen mit Nicht-PCs.
Ich habe lange Zeit kaum Foren ernsthaft benutzt, weil die Textkommunikation über den Web-Browser prinzipbedingt schon suboptimal ist gegenüber anderen Lösungen mit speziell angepaßter Software. Foren mit Baumstrukturen fand ich aber immer als das schlimmste. Nicht nur hoch-/runter-scrollen, auch noch rechts/links. Das ist übel.
Du hast natürlich recht, daß bei langen Threads schnell der Faden verloren gehen kann, übrigens bei beiden Methoden, aber gerade darum sollte man sich der Zitier-Funktion bedienen, um den Zusammenhang zu wahren.