ARGH, ich habe nicht genau genug gelesen. Du meintest die Spotlightsuchen.
In den Systemeinstellungen/Spotlight/Suchergebnisse kann man angeben, was für Arten in die Suche mit einfliessen. ich denke, wenn man das das Häkchen bei "Webseiten" weg macht, sollte es klappen, oder? Allerdings werden dann auch wahrscheinlich keine Lesezeichen mehr gefunden.
Wenn das nicht klappt, könntest Du noch den Ordner ~/Library/Safari in die Privatsphäre aufnehmen. Gilt dann aber eben für alle Dateien da drin.