In Files findest du deine Dateien, die im Datenbankordner liegen. Wenn du die Dateien direkt in der Datenbank speicherst, werden sie in den devonthink-x.database Dateien verschluckt und sind, ohne DT, ausserhalb deines Zugriffs.
Die Option, in den Ordner kopieren, ist in jedem Fall die bessere Variante.
Textdateien werden von DT grundsätzlich in der Datenbank gespeichert, da DT in der ursprünglichen Form eine reine Textdatenbank ist (war). Damit wird natürlich die Indizierung der Daten in der Datenbank für Textinhalte dramatisch gesteigert.