Hauptproblem seit Anfang an bei USB war, dass es ein reines Host-Client-System ist. Es gibt immer einen Chef (der Computer) und nur "dumme" Clients. Jeder Transfer muss vom Computer und über den Computer gesteuert werden, was CPU-Last und hohe Verluste beim Protokoll zwischen theoretischer und praktischer Datenrate erzeugt. Nun ja, dieses "Problem" gibt es schon ewig und mit steigender Rechenleistung und Übertragungsgeschwindigkeit kann man sagen, dass es nicht so wichtig ist.
Bei USB3 treten aber bei der Übertragung schon Probleme durch Interferenzen oder Störsignale auf. Du erinnerst Dich vielleicht, dass Bluetooth gestört wird.
Dazu dann, dass es zwar genaue Spezifikationen für USB3, die zu verwendenden Kabel und auch die notwendigen Hubs gibt, damit möglichst wenig Probleme entstehen. Nur hält sich kaum jemand an diese Spezifikation. Vor einem 3/4 Jahr gab es zwar schon USB3-Hubs, die waren aber völlig anders als die Spezifikation war und machten richtige Probleme bei parallelem USB2/3-Betrieb. Ich weiß auch nicht, ob es bis heute überhaupt irgendeinen Hub gibt, der sich wirklich an USB3 hält. So sind die USB-Probleme, die man auch schon von dem Vorgänger her kennt, vorprogrammiert.