Ja, wenn beide Anschlüsse da sind, ist DVI auf jeden Fall vorzuziehen. Zum einen wegen der Qualität (digital<->analog) und zum anderen auch, weil dann sofort automatisch immer das komplette Bild angezeigt wird. Irgendwelche Sync-Einstellungen wie bei VGA sind völlig unnötig und sogar unmöglich.
Ich denke auch, dass praktisch alle derzeit in Betrieb befindlichen Beamer DVI haben sollten. Mich überrascht es besonders bei TFTs immer wieder, dass es selbst heute, gefühlte Jahrzehnte nach Einführung der digitalen Schnittstelle, noch Geräte gibt, die ausschliesslich über VGA angeschlossen werden können. Besonders bei TFTs, die ja über eine definierte Pixelstruktur verfügen, die man 1:1 ansteuern muss, ein unverständlicher und völlig unsinniger Anachronismus.
Da man sich da nie so scher sein kann, würde ich vor dem Kauf mal schauen, ob der/die betreffenden Beamer DVI haben.
