Es gibt zwei Dinge, die Time Machine von einem "richtigen" Backup unterscheiden können:
1) Die Sicherung ist nicht wirklich vollständig. Es fehlen Systembestandteile, die Mac OS X als unwichtig für die Sicherung ansieht, nämlich Protokolldateien und bestimmte Caches. Die Sicherung der Protokolle ist für professionelle Administratoren eigentlich schon recht wichtig.
2) Wenn man sich nicht selbst in irgendeiner Weise darum kümmert, bleibt die Time Machine-Sicherung in der Regel online, d.h. die Platte ist mit dem gesicherten Rechner verbunden. Das macht sie anfällig gegen allerlei Katastrophen, die auch die Originaldaten zerstören können, wie Fehlbedienung, Viren, Kurzschlüsse, Feuer, Wasser, etc. Im Problemfall wären dann gleich beide Datenbestände, nämlich Original und Kopie zerstört. Das kann z.B. bei einem Magnetband, das an einem anderen Ort liegt, nicht passieren.