Es ist weniger das Protokoll an sich, sondern das Problem, dass der File Server wohl bestimmte Features unterstützen und mit genau vorhersagbaren Fehlercodes antworten können muss. Das ist bei Drittanbietern halt immer eine wacklige Sache.
Das Filesystem ist tatsächlich egal, da bei Netzwerkzugriffen der Client davon nichts mitbekommt. Time Machine legt bei einem AFP-Zugriff ein "Sparsebundle" an, also eine spezielle Datenstruktur, die ein mitwachsendes Disk-Image enthält, das wiederum mit HFS+ formatiert ist.