Programmspezifische Files werden in der Libary von Benutzern installiert, aber auch nicht immer.
Systemweite Sachen gehören in /Library, benutzerspezifische Sachen in /Benutzer/name/Library
Appication Support gibt es einmal beim System und einmal beim Benutzer.
Logisch, denn systemweite Sachen gehören in /Library, benutzerspezifische Sachen in /Benutzer/name/Library
Handbücher sind einmal im Programmorder, ein anders mal innerhalb des Programms

Mit dem zweiten meinst Du Pakete, die eigentlich ja auch nichts anderes als Programmordner sind?
Installationsscripte liegen manchmal auf der obersten Ebene der HD, manchmal gibt es sie gar nicht.
Auf der obersten Ebene haben sie gar nichts zu suchen. Was legt denn Installationsskripte dort ab? Und außerdem sollten Installationsskripte überhaupt nicht verwendet werden. Entweder Installation per DSrag'n'Drop oder mit dem Apple Installationsprogramm. Alles andere ist veraltete Denke und eigentlich überflüssig.
Bestimmt gibt Apple da was vor, aber die Herren Programmierer wissen es nicht oder sind zu faul, die Vorgaben umzusetzen
Richtig. Bei Programmen, die sich nicht an die Vorgaben halten, sind die Programmierer schuld. Nur: Wenn die sich nicht an die Vorgaben halten, dann machen die sich unter OS X selber das Leben schwer. Gerade durch die klaren Vorgaben wird einem viel Arbeit abgenommen.
Aber im Vergleich zu Win sind diese beschriebenen Unregelmäßigkeiten Peanuts, sorry. Unter Win macht jedes Programm etwas völlig eigenes. Da gibt es dann nicht 2 oder 3 Möglichkeiten, was passiert wäre, sondern hunderte, mit keiner Chance, das per Hand zu korrigieren. Schöner wäre natürlich, unter OS X würden es alle richtig machen.