Und was ist der Grund für zwei verschiedene „Ablageorte"?
Weil das zwei völlig verschiedene Datenarten sind.
Vielleicht mal als Erklärung:
"iCloud" ist ein Ober-/Sammelbegriff für alle Dienste (Dateien, Backups, Fotos, Mail, Kalender, Adressbücher, Spielstände ...), die über eine zentrale Speicherung bei Apple laufen.
"iCloud Drive" ist nur ein Teil innerhalb von iCloud, der effektiv eine zentrale Speicherung von Dateien(!) ermöglicht. Also quasi nix anderes als ein Ordner auf Deinem Rechner in dem Dateien liegen und der über die Apple-Server synchronisiert wird.
In dem "iCloud Drive" können Programme/Apps Dateien ablegen. Das wird also üblicherweise für Daten verwendet, die man als einzelne Datei abspeichert und verwendet und die der Anwender auch tatsächlich als Datei benutzen würde. Es wird nicht für Daten verwendet, die seitens des Programmes und Anwenders losgelöst von den Dateien benutzt werden, z.B. Mails, die Verwaltung von Bilddateien in der App Fotos, Kalender, Adressbücher, Spielstände, Backups...
Pages und Numbers erzeugen einzelne Dokumente, die eine direkte Entsprechung in einer Datei haben. Du verwaltest solche Dokumente schon immer im Finder als Dateien. Du würdest sie z.B. zur Weitergäbe auf einen USB-Stick kopieren etc. Daher werden diese Dokumente in dem Bereich "iCloud Drive" als Datei dargestellt und verwaltet.
Alle anderen Programme und Apps können ihre Daten/Dokumente zur Synchronisierung zwischen verschiedenen Geräten auch in die iCloud (nicht Drive!) legen. Bei diesen ist es immer so, dass Du immer nur innerhalb des Programmes/App mit den Dokumenten arbeitest und es keine direkte Entsprechung Dokument<->Datei gibt. Denk mal an Mail oder iPhoto auf Deinem Mac. Die Dokumente (Mails, Postfächer, Fotos, Alben) sind innerhalb des Programmes für Dich verfügbar, aber Du hast keinen direkten Zugriff auf Dateiebene. Die liegen sogar versteckt (in der Library bzw. unsichtbar im Paket "Foto Library"), damit der normale Anwender nicht aus Versehen dort mit den Dateien arbeitet. Macht er es doch, hat man schnell Probleme.
Denk auch mal an DevonThink. Die Dokumente darin sind auch nicht im Finder direkt als Datei für Dich zu sehen und zu benutzen, sondern die Dokumente sind in einer Datenbank, deren Inhalt Du nur in DT verwendest.
Das Programm "Notizen" verwaltet die einzelnen Notizen ebenfalls nicht als einzelne Dateien, auf die Du getrennt von dem Programm/App zugreifst. Ähnlich wie bei Mail oder DT würdest Du die Notizen kaputt machen, wenn Du manuell an den Dateien etwas machen würdest.
Also landen die Daten des Programmes/App "Notizen" zwar zur Synchronisierung in der iCloud, aber nicht in dem manuell vom Anwender zu verwaltenden und bearbeitenden Bereich "iCloud Drive".
Noch mal als Vergleich zu Deinem Mac:
Einmal hast Du Programme, die ihre Dokumente als Dateien im Ordner "Dokumente" ablegen, damit Du auch mit den Dateien arbeiten kannst.
Auf der anderen Seite hast Du Programme, die ihre Dokumente nicht als direkte Entsprechung einer Datei speichern/verwalten und ihre Daten im Ordner Library speichern, an denen Du tunlichst nicht manuell manipulieren solltest.
Nochmal zu "Notizen":
Es gibt mehrere Möglichkeiten des "Speicherortes"="Synchronisierungsweg".
Bei Dir ist es über iCloud. Älter und unabhängig von Apple kann man die Notizen auch mit einem Mailaccount verknüpfen. Dann werden die Notizen im Mailaccount beim Mailprovider gespeichert und darüber synchronisiert. Im Mailprogramm selber werden sie aber nicht angezeigt.
In iCloud Drive sind verschiedene Programme ausgeführt, u.a. Pages und Numbers, aber Notizen nicht.
Der Text bei iCloud Drive lautet aber:
Apps, die Dokumente und Daten in iCloud speichern werden hier angezeigt.
Also nicht:
Apps, die Dokumente und Daten in iCloud Drive speichern werden hier angezeigt.
Das dürfte eine ungeschickte/unvollständige Formulierung sein. Dort werden alle Programme angezeigt, die in "iCloud Drive" speichern können (nicht müssen!), auch wenn dort nur "iCloud" steht. Wäre besser, wenn es anders wäre, ja. Einfach melden, vielleicht wird es behoben.
Das Fenster und diese Information kommt, wenn man bei "iCloud Drive" auf "Optionen" klickt, d.h. man kann schon zumindestens vermuten, dass es sich auf iCloud Drive bezieht.
Die Standard-Apps wie Kontakte, Kalender, Erinnerungen, Notizen etc. werden unter dem iCloud Drive einzeln als in iCloud gespeichert aufgeführt
Und schau mal an den unteren Rand. Da steht, wie viel Du von deinem Speicherplatz schon benutzt hast und rechts daneben steht "Verwalten". Wenn Du darauf klickst, bekommst Du eine komplette Liste aller Programme/Apps, die auch noch Daten in iCloud außerhalb des Drive ablegen.