Einen ähnlichen Effekt habe ich bei meinem iMac (2011) auch zu beobachten. Auch schon mehrere Jahre und über neue Systeminstallationen hinweg.
Direkt nach dem Booten ist das erste Starten von allen Programmen extrem(!) langsam. Da dauert es schon mal 20-30s bis Safari startet. Allerdings tatsächlich nur dieser erste Start. Spätere Starts sind ganz normal schnell.
Irgendwas macht der Rechner nach dem Booten, was ich nicht wirklich einkreisen kann. Öffne ich direkt nach dem Booten das Suchfenster von Spotlight, steht dort auch "Indizieren", allerdings gibt es dort keinen durchlaufenden Fortschrittsbalken, sondern dieser Balken pulsiert nur.
Nach einiger Zeit verschwindet das "Indizieren" und ab da starten auch alle Programme wieder normal.
Ich gehe ganz stark davon aus, dass das alles zusammenhängt, habe aber nie lösen können, warum der iMac nach jedem Starten auf "Indizieren" steht. Kein Absturz, kein Booten von anderen Systempartitionen, kein Bootcamp. Ein komplettes Indizieren ist es auch nicht, denn das würde wesentlich länger dauern und dann gäbe es auch einen Fortschrittsbalken.
"Gelöst" ist das Problem seit dem Einbau einer SSD. Der Effekt mit dem "Indizieren" ist weiterhin da, aber es ist kein Ausbremsen der anderen Programme mehr zu bemerken. Vermutlich weil konkurrierende Zugriffe auf die SSD sich nicht mehr gegenseitig bremsen wie bei einer HD.
Das zweite Problem (langsames Öffnen von Webseiten) wird tatsächlich durch die ganzen Trackingskripte verursacht. Schaut man sich die übertragenen Datenmengen und Abarbeitungszeiten für diese überflüssigen Sachen an, sind die ein vielfaches gegenüber dem notwendigen und hinreichenden Inhalt. Wirklich vielfaches! Mit den bekannten Blockererweiterungen (z.B. Ghostery) arbeiten die Seiten plötzlich wieder schnell. Spiegel online mal als Beispiel:
75 Cookies (30 von Spiegel; 45 fremde)
347 Dateien werden von fremden Servern (95 Stück) geladen.
mit Blocker: 185 Dateien heruntergeladen - 4,6MB - nach 3,3s Anzeige - nach 7s alles geladen - einige Meldungen (ca. 10), dass Cross-Site-Zugriffe versucht werden
ohne Blocker: 431 Dateien heruntergeladen - Datenmenge wird nicht mehr angezeigt - nach 9,8s Anzeige - das Laden hört nie auf (es werden ständig Daten übertragen) - viele Meldungen, dass Cross-Site-Zugriffe versucht werden
Insgesamt dauert auch mit Blocker das Anzeigen der Seite so lange, weil die auch den Aufbau der Seite per JavaScript machen. Ohne JavaScript wird die Seite in unter 1s angezeigt.