Safari (12.0.1) --> Safari Erweiterungen
Dann öffnet sich bei mir der AppStore mit den Erweiterungen.
Ja, unübersichtlich und schlecht, wie auch schon vorher...

Den habe ich auch, hätte aber gerne noch einen zusätzlichen, links von der Adressleiste.
Da kenne ich nichts. Der einzelne Reload-Button ist irgendwann mal mit der Adressleiste verschmolzen worden.
Ist denn Ghostery ein Ad Blocker?
Nicht nur, aber er blockiert auch als Nebeneffekt die Werbung.
5.5.0 habe ich auch noch (war aber deaktiviert) und ist auf von Apple mit der „Warnung“ versehen, dass es den Browser verlangsamen wird.
Ja, einfach aktivieren. Die Warnung ist nur da, weil ja eine solche Erweiterung vor der Anzeige die Webseite durcharbeitet und verändert. Das kostet prinzipbedingt mehr Zeit, als wenn man das nicht macht. Aber durch die Veränderung werden Großteile der unnützen Sachen danach nicht mehr geladen und dadurch gibt es im Endeffekt erhebliche Zeitersparnis.
Unter Einstellungen --> Optionen --> Erweitert --> Anzeigenoptionen nur den Haken bei „Ghostery erlauben...“ Warum ist der denn automatisch gesetzt?
Da geht es nur darum, dass Ghostery Informationen über sich selber einblenden darf, also z.B. Hinweis auf neues Update etc. Es geht nicht um Werbung von irgendwem auf irgendeiner Website.
Das stellst Du bei "Allgemein/Blockieroptionen" ein. Ich habe da einfach immer auf "Alles blockieren" und fahre damit gut.