Soweit ich weiß, überträgt der Migrationsassi nur alle Programme oder keine.
Daher fällt mir ein:
=> überflüssige Programme nach dem Übertragen löschen
=> unerwünschte Programme vor dem Übertragen löschen, oder (temporär?) außerhalb des Programmordners verbergen
=> Programme nicht übertragen, gewünschte Programme nach dem Übertragen installieren. Vor allem wenn es nur um "einzelne" Programme geht, sollte das nicht so unkomfortabel sein.