Ich hatte die App zweimal auf dem iPad.
Da ist ein Missverständnis bei Dir.
Es ist prinzipiell unter iOS nicht möglich eine App zweimal auf einem Gerät zu haben. Selbst unterschiedliche Versionen der gleichen App sind nicht möglich.
Du hattest zwei verschiedene Apps installiert. Genau diese Thematik hattest Du schon in einem anderen Thread vor kurzem. Es war einmal die App "xy" und einmal "xy Pro". Dass diese vom gleichen Entwickler sind, dieser die gleiche Versionsnummer vergeben hat und die Funktion nahezu identisch ist, ist zwar so, aber es ist für das System genauso, als ob Du von der App "Safari" und der App "Pflanzen gegen Zombies" schreibst. Die Apps dürfen auch nicht direkt auf die Daten der anderen App zugreifen. Du erinnerst Dich evtl. daran, wenn Du an den Transfer von Reisrouten zwischen den Apps denkst.
Beim Löschen einer App kommt die Frage "xy löschen - Beim Löschen von xy werden sämtliche Daten mitgelöscht." Unter iOS gibt es jeweils eine Einheit auf Programm und zugehörigen Daten, ganz anders als unter OS X. Nur beides zusammen kann man löschen oder behandeln. Löscht man eine App, sind auch die Daten weg. Installiert man die aus iTunes oder dem AppStore neu, hat man wieder eine jungfräuliche App ohne Daten.
Im Backup sind die Daten selbstverständlich enthalten. Eine einfaches Wiederherstellen einer einzelnen App (und somit auch der Daten) ist leider nicht vorgesehen. Es ist nur möglich, das Gerät komplett auf den Zustand des Backups zurückzusetzen. Liegt das Backup lange zurück, hilft das nicht.
Mit Tricks kann man auch die Daten einer einzelnen App aus dem Backup extrahieren. Ist aber aufwändig und nicht simpel.