Ja, die "übersichtliche" Farbverwaltung. Ich habe ähnliche Probleme auch immer, wenn ich PDFs von jemandem bekomme. Je nachdem, ob er die PDF direkt aus Indesign "druckt" oder erst über Photoshop geht oder die PDF mit Acrobat erstellen lässt, kommen unterschiedliche Farben raus. Ziemlich frustrierend.
Du müsstest in allen benutzten Programmen und Dialogen mal die Farbverwaltung überprüfen. D.h. in Illustrator, in Vorschau (wenn Du daraus die PDF druckst?), in dem Dialog zur PDF-Erzeugung, im Druckdialog in Illustrator und im Druckdialog in Vorschau. Ich habe leider kein Adobe CC und kann daher dort nichts nachschauen. Evtl. FOX?
Wie speicherst Du in Illustrator denn in ein PDF? Über einen Adobe-Export, über die Druckfunktion oder über Acrobat?
Falls Du nicht über den Druckdialog speicherst:
Erzeuge doch mal ein PDF über den Druckdialog und den Weg, den Du sonst benutzt hast. Öffne beide PDF und vergleiche die Farben. Welches davon hat die "richtigen" Farben?