Sollte ich es besser deaktivieren?
Schwer zu sagen. Apple hält Spotlight ja inzwischen offenbar reif genug, um es auch auf einem Server zu verwenden.
Wenn Du siehst, dass merkwürdige Prozesse, die alle mit "md..." beginnen, zu viel Rechenzeit auf dem Server verschwenden, kannst Du es ja abschalten...

wie könnte ich es abschalten?
Ohne Neustart leider nicht möglich. Man muss als root-Benutzer den Eintrag in der Datei /etc/hostconfig auf
SPOTLIGHT=-NO-
ändern und das System neu booten.
Es gibt da auch so Tools, die das per Mausklick können *hüstl*.