Am Wochenende hatte ich beim Austausch eines Rechners ein absolut seltsames Verhalten, das ich so noch nie erlebt habe:
ich mußte etwa 40GB an Daten von einem alten G4/450 Dual (10.4.7) via Gigabit-Ethernet auf einen G5 2.7GHz/Dual (10.4.

übernehmen. Bei bestimmten Verzeichnissen wurde teilweise der Inhalt verschoben, manchmal nur die Verzeichnisse, manchmal auch die Dateien darin.
Beispiel:
Quelle:
/2. Ordner/1. Verzeichnis/...
/2. Verzeichnis/...
/3. Verzeichnis/...
...
/9. Verzeichnis/...
/10. Verzeichnis/...
Kopie im Ziel:
/2. Ordner/1. Verzeichnis/...
/2. Verzeichnis/...
/3. Verzeichnis/...
...
/9. Verzeichnis/...
/10. Verzeichnis/...
Ab dem 9. Verzeichnis (oder so) wurden also die Ordner einfach auf die gleiche Ebene gelegt wie der umschliessende Hauptordner. Ähnliches passierte später auch mit Dateien, die teilweise oder komplett aus den Unterverzeichnissen nach oben verschoben wurden.
Ich habe den G4 im Verdacht, da eine ähnliche Aktion vorher zwischen G5 und macmini ohne Probleme funktioniert hat.
Ach so: Quelle und Ziel waren eigene Partitionen, das System wurde vorher migriert und aktualisiert.