Die richtige Lösung ist, zuerst das RAID einzurichten und danach das System aufzuspielen. Das kann man problemlos von der Installations-CD aus machen, indem man vor der Installation das Festplatten-Dienstprogramm aufruft.
Es ist auch richtig, dass nicht jeder Mac von einem Software-RAID booten kann. Das hängt von der Firmware-Version ab. Bei den meisten PowerMac G5 sollte das aber klappen. Das Installationsprogramm von Mac OS X weist glaube ich darauf hin, wenn man eine Konfiguration hat, wo es nicht klappt.
Es stimmt auch, dass das Booten von RAID schiefgehen kann, wenn das RAID-Set ausfällt. In 10.4 gibt es da Optionen zur automatischen Wiederherstellung, bzw. Fallback auf eine ungespiegelte Platte. Wenn ich mich richtig erinnere, gab es da in 10.3 noch gewisse Einschränkungen. Das müsste man dann durch Ausprobieren ermitteln...

Ich würde die Variante mit der kleinen Startplatte bevorzugen, da man dann System und Daten sauber getrennt hat.
Das geht wie gesagt im G5 nicht, da trotz des riesigen Gehäuses kein Platz für drei Platten ist.